Zarząd Forum Młodych Dyplomatów jest głównym organem wykonawczym Stowarzyszenia, zajmującym się przede wszystkim realizacją jego celów i zadań oraz kierowaniem bieżącą merytoryczną, finansową i techniczną pracą. Zarząd FMD tworzy programy i projekty Stowarzyszenia; organizuje i prowadzi działalność gospodarczą, tzn. ustala budżet i zarządza majątkiem Stowarzyszenia; wprowadza w życie uchwały i postanowienia Walnego Zebrania Członków FMD; koordynuje prace Przedstawicielstw Regionalnych FMD; podejmuje wszelkie decyzje dotyczące członkostwa w Stowarzyszeniu, a także sprawuje funkcje reprezentacyjne Stowarzyszenia. Całoroczna działalność Zarządu FMD podlega kontroli, która ma miejsce na dorocznym Walnym Zebraniu Członków FMD, gdzie przedstawiane są raporty podsumowujące jego prace (sprawozdania merytoryczne i finansowe Stowarzyszenia). Kadencja Zarządu FMD wynosi 12 miesięcy.